Catorce años después del Tercer Impacto, la Tierra es un páramo postapocalíptico, la civilización humana está en ruinas y las personas que Shinji conoce son casi irreconocibles. Atrapado dentro de Evangelion Unit-01, Asuka y Mari lo recuperan del espacio, solo para encontrarse prisionero de Wille, una facción militar liderada por su ex guardián Misato Katsuragi. Fríos y amargados, sus antiguos aliados lo ven con sospecha y se niegan a apoyarlo mientras acepta las consecuencias de sus acciones.
Un Shinji herido y confundido es rescatado de Wille por Rei y devuelto a la sede de Nerv. Allí, conoce y rápidamente se hace amigo del enigmático Kaworu Nagisa, quien le ofrece calidez y conocimiento sobre el estado de la guerra de Nerv con los Ángeles. Pero el breve respiro de Shinji y Kaworu se encuentra en la víspera de una nueva batalla, una en la que Shinji descubre que sus enemigos ya no son ángeles sino antiguos camaradas. En esta amarga confrontación para determinar el futuro del mundo, Shinji aprenderá de primera mano que el pasado realmente no se puede deshacer.
