En un mundo postapocalíptico, el último asentamiento humano que queda en Japón es la ciudad fuertemente fortificada de Tokio-3. Shinji Ikari, de catorce años, es llevado a la sede de Nerv, una organización clandestina liderada por su padre, Gendou. Solicita que Shinji se convierta en piloto de un ‘Evangelion’, un androide colosal construido para luchar contra monstruosas y destructivas criaturas alienígenas conocidas como ‘Ángeles’ que causan estragos en el planeta y amenazan la supervivencia de la raza humana restante.
Aunque inicialmente reacio, Shinji se deja llevar por la idea de reconciliarse con su padre y acepta ayudar en el peligroso esfuerzo de la humanidad contra su amenaza alienígena, como piloto de Evangelion Unit-01. Empujado en medio de un peligroso campo de batalla, Shinji debe encontrar el valor y la determinación necesarios para enfrentarse a las incursiones de los Ángeles antes de que sea demasiado tarde.
