Es el año 16 de la era Meiji.
Han pasado cinco años desde que Kenshin Himura detuvo el levantamiento de Makoto Shishio. Aunque las llamas de su incipiente revolución se han desvanecido, las cicatrices que dejó a su paso aún se sienten en todo Japón. Aún quedan restos de su grupo, aunque dispersos. Algunos han encontrado la paz, mientras que otros siguen luchando.
Después de que una facción restante intentara revivir la revolución, la vieja espada de Shishio cayó en manos de Ashitarou Hasegawa, un niño huérfano que nunca conoció un hogar. El conflicto también deja a Aran Inoue, un joven de 16 años mitad japonés y mitad estadounidense, y a una chica mercenaria llamada Asahi Kubota con un alto precio que pagar, sin ningún otro lugar al que ir.
Pero, por suerte para estos individuos, el dojo Kamiya siempre ha sido un lugar que acepta a personas sin hogar sin indagar en su pasado.
