La historia se centra en Ganta Nakami, un estudiante insomne que siempre parece estar agotado cuando está en clase. Este cansancio permanente también hace que se le considere una persona especialmente asociativa. Un día, en el aula de astronomía, conoce a Isaki Magari, un estudiante que, como él, es insomne y que estaba echándose una siesta en un rincón del aula.
Mucho más sociable que él, la joven le invita a compartir el aula con ella y a venir a descansar en secreto. A medida que pasan los días, su cercanía parece hacer que vuelvan a dormirse, cada uno sensible a los latidos del corazón del otro…
