Ambientado en la historia alternativa de Japón en 1931 y el año 64 de la era Meiji, el shogunato Tokugawa nunca fue abolido y el emperador Meiji nunca fue restaurado en el poder. El anime seguirá las actividades de “Nue”, una organización de verdugos del shogunato que hacen cumplir el gobierno. El país ha desarrollado su propia fuente de energía, la “vena del dragón”, y ha logrado un desarrollo único en el que se mezclan la ciencia y el período Edo.
Sin embargo, detrás de la glamurosa ciudad, la organización disidente Kuchinawa se esfuerza por derrocar a la administración, mientras que Nue del régimen de Tokugawa, a quien se le confió su exterminio, está en conflicto. Sawa Yukimura, cuya familia fue asesinada cuando ella era joven, continúa buscando a Janome, el verdugo del Nue.
