La Quinta Guerra del Santo Grial en la ciudad de Fuyuki ha llegado a un punto de inflexión. Las vidas de todos los participantes se ven amenazadas cuando el enemigo oculto finalmente se revela. Cuando Shirou Emiya, Rin Toosaka e Illyasviel von Einzbern descubren la verdadera naturaleza corrupta de la sombra que ha estado arrasando por toda la ciudad, se dan cuenta de lo terrible que es la situación.
Para proteger a sus seres queridos, el grupo debe defenderse de la fuerza enemiga aparentemente insuperable. Incluso si algunos de esos enemigos alguna vez fueron sus aliados, o tal vez, algo más íntimo.
Cuando comience el acto final de esta guerra caótica. Los ideales que cree Shirou pronto serán desafiados por un dilema insoportable: ¿es realmente posible salvar un mundo donde todo parece haber salido mal?
