La película comienza con la recuperación en la órbita terrestre de un sarcófago en forma de cruz que contiene la unidad Eva-01 en la que Shinji Ikari se disuelve tras el Near Third Impact, llevado a cabo por Asuka a bordo del Eva-02 y apoyado por Mari a bordo del respectivo Eva. -08 unidad en nombre de Wille.
Durante la recuperación Asuka Langley es atacada por el sistema de defensa del Nerv el cual consiste en un ángel creado específicamente para defender al Eva-01, se encuentra en dificultades pide desesperadamente la intervención de Shinji provocando inesperadamente la activación momentánea de la unidad Eva-01 que elimina el ángel salvándola.
