Continúa la reñida lucha de la humanidad, representada por los miembros de la Agencia Especial Nerv, contra las misteriosas criaturas llamadas ‘Ángeles’. Mari, piloto adscrita a la unidad provisional Evangelion 05, se encarga del despertar del Tercer Ángel, mientras que Asuka se compromete a eliminar al Séptimo Ángel a bordo de su Eva-02.
Después de derrotar al Octavo Ángel, el Noveno Ángel es un enemigo más traicionero, capaz de colarse en la nueva unidad Evangelion 03 y tomar posesión del piloto asignado a la prueba, que es Asuka. Comienza el Tercer Impacto.
